Il territorio comunale è suddiviso in due zone: la piana che si estende verso San Ponso e Valperga, bagnata da due torrentelli: il Rossetto e il Massiane; la collinare che abbraccia le pendici dì Belmonte sino a lambire i 500 metri di altitudine.
Il nucleo abitato, si adagia ai piedi della zona collinare e si stringe attorno al suo santuario, mentre dall'alto di un poggio domina la Parrocchiale.
Già signoria degli Arduinici, nel 1014 Pertusio passò all'episcopato di Vercelli.
Ma prima di questo periodo pare che Pertusio avesse un altro signore, della famiglia dei Droy, un tempo potente e nobile gruppo famigliare originario di Cuorgné ed avente giurisdizione in Cuorgné, Valperga, Barbania, Rocca e Levone. Dovettero essi piegarsi alla prepotenza dei conti del Canavese: ma seguitarono a dirsi consignori di Pertusio.
Fu quindi signoria dei Valperga e dei San Martino, che vi costruirono una roccaforte ormai scomparsa, in una località ancor oggi ricorda­ta con il nome di "Castellazzo".
Pertusio partecipò, alla fine del 1300, alla rivolta del "Tuchinaggio" e nel 1391 si accordò con il fisco del conte di Savoia pagando una pesante multa. All'inizio del XVIII secolo si liberò interamente dal dominio dei nobili.